Instrumentarium Od 1999 roku gra na gitarze marki Music Man (współtworzoną z firmą Ernie Ball), na modelu sygnowanym jego nazwiskiem. Wcześniej używał gitar firmy Ibanez (również sygnowanych) opartych na seryjnym modelu RG. Niezależnie od producenta gitar Petrucci zawsze korzystał z przetworników firmy DiMarzio.
Gitary 1 Ernie Ball Musicman JP BFR Rubyburst Baritone 1 Musicman JP BFR Walnutburst Baritone 1 Musicman JP BFR Walnutburst 7 String 1 Musicman JP BFR Blackburst 7 String 1 Musicman JP BFR Tobaccoburst 1 Musicman JP BFR 2006 Ltd. Edition Black w/Gold Hardware 2 Musicman JP BFR Blackburst 1 Musicman JP BFR Walnutburst 1 Musicman JP BFR Rubyburst 1 Musicman JP Blue Sparkle Doubleneck
Wzmacniacze 2 Mesa Boogie Mark V Amplifiers 1 Mesa Boogie Lonestar Amplifier Mesa Boogie 4x12 and 2x12 cabinets (głośniki Celestion Vintage 30)
Struny gitarowe Ernie Ball RPS 9 - gauges 9,11,16,24,32,42 Ernie Ball RPS 10 - gauges 10,15,17,26,36,46 Ernie Ball Super Slinky Acoustic strings
Kostki gitarowe Dunlop Jazz III picks