Rannych zostało także 5 członków personelu w tym kierownik Zakładu, Kalman Lis.
Podczas okupacji niemieckiej, Zakład znajdował się wraz z między innymi Sanatorium Żydowskiego Towarzystwa Przeciwgruźliczego „Brijus” oraz Szpitalem dla Nerwowo i Psychicznie Chorych Żydów „Zofiówka”, na terenie getta otwockiego w tzw. dzielnicy kuracyjnej. W tym okresie utworzono również sierociniec dla dzieci-uchodźców wygnanych z Niemiec w 1938 roku w ramach Polenaktion, w którym przebywało 50 dzieci.
Zakład Leczniczo-Wychowawczy w Otwocku istniał do likwidacji otwockiego getta w dniu 19 sierpnia 1942. Prawdopodobnie tego dnia, Niemcy przy udziale policjantów getta i granatowych policjantów, pognali większość podopiecznych na otwocki Umschlagplatz, a dzieci chore, osłabione oraz niepełnosprawne intelektualnie w stopniu głębokim zastrzelili na miejscu.
Według relacji Frumy Lewkowicz, kierownik sierocińca dla dzieci-uchodźców Chaim Ossowiecki został rozstrzelany wraz ze swoją żoną i swoimi podopiecznymi.