Sprawę komplikowały również niedoskonałości samych struktur Markusha – użycie różnych sposobów rysowania struktur chemicznych i wskazywania fragmentów zmiennych, przez co zastrzeżenia z różnych patentów mogły się w sposób niezauważony częściowo pokrywać, duży wzrost skomplikowania struktur Markusha (pierwsze zastrzeżenie tego typu było bardzo krótkie, jednak z biegiem lat zastrzeżenia Markusha zaczęły czasem liczyć wiele stron), a także niekiedy przedstawianie struktur Markusha w sposób zupełnie odmienny od prawidłowych struktur chemicznych. Na przestrzeni lat wiele dużych przedsiębiorstw z branży chemicznej opracowało własne systemy indeksowania i przeszukiwania struktur Markusha. Do końca pierwszej dekady XXI wieku systemy te zostały znacznie udoskonalone, koszt ich użycia zauważalnie spadł, a wiele problemów i ograniczeń poprawiono, choć w literaturze wciąż wskazywane są niedoskonałości tych rozwiązań, jak również problemy związane z samym stosowaniem zastrzeżeń Markusha.