Zaraz po pierwszej fali król Piotr, rząd Jugosławii i Naczelne Dowództwo opuściło Belgrad, wycofując się do górzystego wnętrza Jugosławii z finalnym zamiarem udania się na wygnanie. Druga fala niemieckich samolotów przybyła nad Belgrad około godziny 10:00, składając się z 57 bombowców nurkujących Ju 87 i 30 myśliwców Bf 109E. Spotkało ich 15 pozostałych myśliwców z 6 Brygady Myśliwskiej. Tym razem Jugosłowianie twierdzili, że dwa bombowce nurkujące zostały zmuszone do awaryjnego lądowania, a jeden Bf 109E został zestrzelony. Patrol Bf 109E z jugosłowiańskiej 31 Grupy Myśliwskiej z siedzibą w Kragujevacu, działający bez rozkazu dowódcy grupy, podążał za Niemcami, gdy ci wracali do swoich baz i twierdził, że zestrzelono dwa bombowce nurkujące, co jednak spowodowało utratę obu jugosłowiańskich samolotów biorących udział w walce.
thumb|left|Ruiny starej Biblioteki Narodowej w Belgradzie zniszczonej przez bombardowanie 6 kwietnia 1941, zdjęcie z 2008 roku Trzecia fala uderzeniowa uderzyła o 14:00, składała się z 94 dwusilnikowych bombowców lecących z lotnisk w pobliżu Wiednia, eskortowanych przez 60 myśliwców. Tę falę zaatakowało 18 myśliwców 6 Pułku Myśliwskiego, które zestrzeliły cztery niemieckie samoloty. Czwarty atak tego dnia zbliżył się do Belgradu o 16:00, składał się z 97 bombowców nurkujących i 60 myśliwców.