Po rozpadzie Czechosłowacji Slovan był jednym z czterech klubów, uczestniczących w pierwszym sezonie Extraligi, zajmując wówczas trzecie miejsce. Czołowym graczem klubu był w tamtym okresie Ľubomír Ftáčnik. W 1993 roku klub usamodzielnił się. W sezonie 1995/1996 Slovan zdobył pierwsze mistrzostwo Słowacji. Zawodnikami klubu byli wówczas m.in. Ftáčnik, Robert Tibenský, Alois Lanč, Ladislav Salai i Ján Báňas. Slovan w latach 1999, 2001 i 2002 ponownie zakończył mistrzostwem. W sezonie 2005/2006 spadł do 1. ligi, z której awansował ponownie rok później do najwyższej klasy rozgrywkowej. W sezonach 2008/2009 i 2012/2013 klub ponownie był mistrzem Słowacji.
Statystyki ligowe Źródło: ŠK Slovan Bratislava Sezon Liga Miejsce Punkty Mecze 1969/1970 1. Čs. liga 1 16 11 5-6-0 1970/1971 1. Čs. liga 4 16 11 8-0-3 1971/1972 1. Čs. liga 5 15 11 6-3-2 1972/1973 1. Čs. liga 4 14 11 6-2-3 1973/1974 1. Čs. liga 3 18 13 8-2-3 1974/1975 1. Čs. liga 3 19 13 8-3-2 1975/1976 1. Čs. liga 5 16 13 7-2-4 1976/1977 1. Čs. liga 2 18 13 7-4-2 1977/1978 1. Čs. liga 9 11 13 5-1-7 1978/1979 1. Čs. liga 7 15 13 4-6-3 1979/1980 1. Čs. liga 8 10 11 3-4-4 1980/1981 1. Čs. liga 7 10 11 5-0-6 1981/1982 1. Čs. liga 3 16 11 8-0-3 1982/1983 1. Čs. liga 5 11 11 4-3-4 1983/1984 1. Čs. liga 5 11 11 4-3-4 1983/1984 1. Čs. liga 2 9 7 3-3-1 1984/1985 1. Čs.