Zając czarnoszyi jest średniej wielkości zającem, którego rozmiar się zwiększa w południowych partiach jego zasięgu. Jego futro jest na ogół rudobrązowego koloru. Górna część ciała waha się od żółtobrązowego do czerwonobrązowego i na grzbiecie ma dużą domieszkę czerni. Pośladki są mniej czernione niż środek grzbietu i przeważa na nich zwykłe ubarwienie grzbietowe sierści, choć nieco bledsze. Wokół oczu, brzegów ust i nozdrzy znajduje się jasne obramowanie. Brzuszna część ciała jest biała. Górne krawędzie uszu są czarne, gdy ogólny odcień futra z przodu jest podobny do odcienia głowy, podczas gdy z tyłu i wewnątrz są prawie nagie. Ogon biały na dole i po bokach, z kolei kolor u góry jest zmienny, w zależności od podgatunku waha się od czarnego do szaro-brązowego. Podgatunek nominatywny L. n. nigricollis charakteryzuje ciemnobrązowa lub czarna plama na tyle szyi oraz czarna górna powierzchnia ogona, u północnego podgatunku ruficaudatus części te są, odpowiednio, szare i brązowe.