Australijczycy oszacowali, że japoński garnizon na Labuanie składa się z 650 osób, w tym 400 żołnierzy obsługi lotniska, 100 żołnierzy marynarki wojennej i 150 innych pracowników linii komunikacyjnych
Przygotowania japońskie W miarę jak alianci zbliżali się do Borneo, w drugiej połowie 1944 roku wysłano z Japonii dodatkowe jednostki, a we wrześniu utworzono 37 Armię, aby koordynować obronę wyspy. W grudniu 1944 roku japońscy oficerowie sztabowi wywnioskowali, że prawdopodobne jest, iż wojska australijskie zostaną wysadzone w strategicznych punktach na wschodnim i zachodnim wybrzeżu Borneo około marca następnego roku (w tym czasie spodziewali się również, że siły Stanów Zjednoczonych wyzwolą Filipiny). W związku z tym kilka japońskich jednostek stacjonujących w północno-wschodnim Borneo otrzymało rozkaz marszu na zachodnią stronę wyspy. Manewr ten przebiegał powoli ze względu na odległości i zakłócenia spowodowane atakami powietrznymi aliantów.