Dowództwa sformowanych batalionów oddziału sprawowali I - kpt. Marian Kocyłowski, II - kpt. Antoni Grygiel, III - kpt. Karol Lisiogórski. 3 września po osiągnięciu gotowości marszowej został wysłany do Torunia I batalion kpt. Mariana Kocyłowskiego. Batalion ten otrzymał rozkaz oczyszczenia i zabezpieczenia lotniska w Toruniu przed niemiecką dywersją. 5 września wraz z batalionem marszowym 59 pp został przydzielony do 27 Dywizji Piechoty celem odbudowy dywizji po poniesionych stratach w walkach na Pomorzu i na przedmościu bydgoskim. Batalion piechoty OZN 59 pp kpt. Kocyłowskiego został rozwiązany i wszedł w skład 23 pułku piechoty 27 DP. Częścią sił uzupełnił odbudowywany II batalion pułku, a reszta batalionu uzupełniła I i III bataliony 23 pp. Żołnierze 59 pp w składzie 23 pp dzielili dalsze jego losy wojenne. 4 września po południu z Inowrocławia wymaszerowała pozostałość OZN 59 pp pod dowództwem mjr. Mieczysława Skoniecznego miała dołączyć do OZ 15 DP w Sandomierzu. OZN 59 pp nazywano też pułkiem zapasowym 59 pp. Oddział podjął samodzielnie marsz w kierunku Brześcia Kujawskiego, dokąd dotarł w nocy 5/6 września. Tej nocy został załadowany do transportu kolejowego i odjechał w kierunku południowym. Po przejechaniu kilkunastu kilometrów z uwagi na zniszczenie torów został wyładowany z wagonów i podjął dalszy marsz.