Pomimo początkowego postępu, walki na Labuanie nasiliły się w późniejszym czasie, gdy japońscy obrońcy wycofali się w głąb wyspy na silnie ufortyfikowaną pozycję znaną jako „kieszeń” i próbowali zatrzymać Australijczyków wzdłuż grzbietów porośniętych gęstą dżunglą i pełnych bagien. 2/12. szwadron komandosów został sprowadzony na brzeg z rezerwy dywizyjnej 12 czerwca i otrzymał zadanie oczyszczenia zewnętrznych obszarów oporu, które zostały pominięte podczas początkowego natarcia na wyspę. Do 14 czerwca Australijczycy zajęli wyspę z wyjątkiem „kieszeni”. Pomimo znacznego wsparcia artyleryjskiego i pancernego, atak na poziomie kompanii przeprowadzony przez 2/28. batalion został odparty 14 czerwca, w wyniku czego poproszono o dalsze ostrzały przygotowawcze w celu osłabienia japońskiej obrony. Na tym etapie wojny australijscy dowódcy otrzymali ścisłe rozkazy ograniczenia strat własnych i „unikania niepotrzebnego ryzyka”, dlatego wykorzystywali wsparcie ogniowe, gdzie tylko było to możliwe, aby skruszyć japońską obronę przed atakiem. Począwszy od 17 czerwca na obszarze „kieszeni” było prowadzone intensywne trzydniowe bombardowanie morskie i powietrzne. W międzyczasie 100 Japończyków wyrwało się z pozycji i zaatakowało australijskich inżynierów naprawiających lotnisko. Australijczycy rozpoczęli ponowny atak 21 czerwca.