W 1941 r. przechwycono trawlery, a także ich sprzęt szyfrujący i kody. Zanim uzyskano te informacje, wilcze stada zatapiały 282 000 ton statków miesięcznie od marca do czerwca 1941 roku. Do listopada Clarke i jej zespół byli w stanie zredukować tę liczbę do 62 000 ton.. Hugh Alexander, szef Hut 8 w latach 1943–1944, opisał ją jako „jednego z najlepszych banburystów w sekcji"Burman, Annie. Gendering Decryption – Decrypting Gender: The Gender Discourse of Labour at Bletchley Park 1939-1945. MA thesis, Uppsala University, 2013..
Maszyna Enigma z czterema wirnikami została wprowadzona w 1942 roku, co utrudniło wysiłki deszyfrujące Hut 8 i doprowadziło do tego, że niemieckie U-Booty ponownie z powodzeniem atakowały alianckie konwoje morskie. Clarke miała dostęp do przechwyconych dokumentów kodowych i odkryła, że ten sam szyfr był używany na czwartym wirniku, co w systemie trójwirnikowym, co umożliwiło Shaunowi Wylie złamanie kodu. Ponad milion niemieckich wiadomości morskich zostało odszyfrowanych z maszyn Enigma przez Hut 8https://www.theguardian.com/world/article/2024/may/29/bletchley-park-codebreaker-joan-clarke-honoured-with-blue-plaque.