Do 30 czerwca 1942 roku załoga jednostki przechodziła szkolenie w składzie , operując z Królewca i Gdańska.
Pierwszy rejs bojowy 27 czerwca okręt wyszedł z Kilonii, udając się na swój pierwszy wojenny patrol, zostając 1 lipca przyporządkowany do 1. Flotylli U-Bootów w Breście. W dniach 13–30 lipca wchodził w skład wilczego stada , między 30 lipca a 3 sierpnia należał do stada „Pirat”, a od 3 do 11 sierpnia operował w ramach stada . 10 sierpnia U-597 wykonał nieskuteczny atak torpedowy z zanurzenia na statki płynące w konwoju . 16 sierpnia po 51 dniach spędzonych w morzu okręt dotarł do Brestu.
Drugi rejs bojowy i utrata okrętu 16 września U-597 wyszedł z Brestu na swój drugi patrol na Atlantyku. W dniach 22–26 września okręt wchodził w skład stada „Blitz”, a następnie (od 26 do 30 września) „Tiger”. 1 października dowódca okrętu kpt. mar. Eberhard Bopst otrzymał awans na stopień kmdra ppor. (niem. Korvettenkapitän). Między 1 a 6 października U-Boot operował w stadzie „Luchs”, od 6 do 12 października przyporządkowany był do stada „Panther”, a 12 października wszedł w skład stada „Leopard”.