Kennedy’ego, który również walczył w szeregach US Navy podczas II wojny światowej, Bulkeley został wysłany, aby dowodzić bazą morską w Guantanamo na Kubie, gdzie stawił czoła groźbie odcięcia dostaw wody przez rząd Kuby w odpowiedzi na inwazję w Zatoce Świń, nakazując instalację sprzętu odsalającego, aby baza stała się samowystarczalna.
Emerytura i powrót do służby thumb|Herb wiceadmirała Johna D. Bulkeleya Przeszedł na emeryturę w 1975 roku. Został jednak ponownie powołany do czynnej służby, aby pełnić funkcję dowódcy Rady Inspekcji i Przeglądów Marynarki Wojennej, która przeprowadza inspekcje i przeglądy okrętów wojennych USA przed ich oddaniem do służby i rozmieszczeniem. W 1986 roku Bulkeley przeprowadził inspekcję pancernika USS „Iowa” (BB-61), znajdując w nim liczne nieprawidłowości i zalecając natychmiastowe wycofanie okrętu ze służby. Jego rada nie została posłuchana i trzy lata później na okręcie doszło do eksplozji wieży, w wyniku której zginęło 47 członków załogi. Później awansowany na wiceadmirała, Bulkeley ostatecznie przeszedł na emeryturę w 1988 roku po 55 latach służby.
6 kwietnia 1996 roku John D. Bulkeley zmarł w swoim domu w Silver Spring w stanie Maryland w wieku 84 lat.