W 1599 r. Corputius był jednym z dwóch dowódców 600-osobowego oddziału Stanów Generalnych w Emden. W konflikcie między obywatelami Emden a hrabią Fryzji Wschodniej (rewolucja Emden) Korputius stanął po stronie obywateli. W 1603 r., po ugodzie haskiej, hrabia odrzucił go jako dowódcę w Emden.
mały|Kościół, w którym został Johannes Corputius pochowany 4 lutego 1600 roku Corputius został mianowany przez Wilhelma Ludwiga superintendentem Coevorden. Już w latach 1602/03 mieszkał w Groningen. Z jego własnych oświadczeń zawartych w listach wynika, że w ciągu tych lat jego stan zdrowia już się pogorszył. W 1605 roku został ponownie awansowany na komendanta fortu państwowego w Groningen. Zachował stopień wojskowy nawet po otwarciu fortu dla mieszkańców Groningen w 1607 r., a także po zakończeniu rozejmu w 1609 r. Johannes Corputius zmarł w 1611 r. w wieku 69 lat jako kapitan Groningen. Został pochowany w tamtejszym kościele Martinikirche. Jego nagrobek ma numer 39Stadsarchief & archeologie Breda.