Nagrody i odznaczenia Bauer zdobył uznanie za swoje badania w dziedzinie studiów nad Holokaustem oraz zapobieganiu ludobójstwom.
1998 – Nagroda Izraela w kategorii „historia narodu żydowskiego”, ze szczególnym wyróżnieniem jego wkładu w badania historii Holokaustu. 2001 – wybrany na Członka Izraelskiej Akademii Nauk i Humanistyki. 2005 – nagrodzony przez rząd Szwecji złotym medalem Illis quorum. 2008 – nagroda honorowego obywatelstwa Jerozolimy (Yakir Yerushalayim) przyznana przez miasto Jerozolima.
Publikacje The initial organization of the Holocaust survivors in Bavaria, Jerusalem: Yad Vashem, 1970 From diplomacy to Resistance: A history of Jewish Palestine. Philadelphia: Jewish Publication Society of America, 1970. Translated from Hebrew by Alton M. Winters. Flight and rescue: Brichah. New York: Random House, 1970 They chose life: Jewish resistance in the Holocaust. New York: The American Jewish Committee, 1973 Rescue operations through Vilna, Jerusalem: Yad Vashem, 1973 My brother's keeper: A history of the American Jewish Joint Distribution Committee. Philadelphia: The Jewish Publication Society of America, 1974 The Holocaust and the struggle of the Yishuv as factors in the establishment of the State of Israel.