Kolejną z przyczyn protestów były fumigacje za pomocą glifosatu i imazapyru, które wpływały na różnorodność biologiczną Amazonii i legalne uprawy.
W lipcu 1996 roku doszło do trwającego dwa miesiące nasilenia wystąpień, w czasie których doszło do poważnych konfrontacji z siłami publicznymi. Miało to miejsce po operacji Conquista prowadzonej przez kolumbijską armię. Jak poinformował admirał Holdan Delgado Villamil, w ciągu 49 dni operacji „zniszczono 60 laboratoriów przetwarzających kokainę i 1600 hektarów obsadzonych liśćmi koki, a 277 osób zostało schwytanych”.
W ramach próby znalezienia porozumienia z rządem plantatorzy koki ogłosili następujące żądania: Zastąpienie uprawy koki poprzez zaangażowanie i organizowanie społeczności przez władze kolumbijskie. Dokonanie inwestycji przez państwo w celu zapewnienia infrastruktury produkcyjnej, handlowej, drogowej i transportowej, a także kredytów i zachęt dla produkcji rolnej. Rozszerzenie zasięgu opieki zdrowotnej i edukacji, budowa dróg i akweduktów.
Powstałe zamieszanie zostało wykorzystane przez Rewolucyjne Siły Zbrojne Kolumbii – Armię Ludową (FARC-EP) do ataków na bazy wojskowe na południu kraju.