Od czerwca 1944 do maja 1945 był oficerem łącznikowym między Wehrmachtem a SS-Führungshauptamt. W październiku 1944 (po przemówieniu Himmlera 18 października 1944) mianowano go Generalnym Inspektorem do zadań specjalnych przy Reichsführerze SS, odpowiedzialnym za koordynację działań Werwolfuforum dws.org.pl.. Wreszcie 5 grudnia 1944 Prützmann powołany został także na stanowisko specjalnego pełnomocnika Rzeszy na Chorwację. Wielokrotnie odznaczony przez władze III Rzeszy (otrzymał m.in. Złotą odznakę NSDAP, Honorową szpadę od Reichsführera SS i Honorowy pierścień SS).
W maju 1945 dostał się do brytyjskiej niewoli. Umieszczono go w obozie jenieckim, a następnie odesłano do mieszczącego się w Lüneburgu oddziału rozpoznania szefa sztabu marszałka polnego Montgomery’ego. Wobec groźby wydania władzom radzieckim, Prützmann popełnił 21 maja 1945 samobójstwo zażywając cyjanek, unikając odpowiedzialności za swoje zbrodnie. Prützmann popełnił samobójstwo w tym samym więzieniu co Heinrich Himmler.