Na tym stanowisku i jako były wysoki urzędnik kościelny został oczywiście wybrany przez kierownictwo sowieckie na przyszłego informatora kościelnego w sowieckiej strefie okupacyjnej, gdyż w sierpniu 1945 roku wraz z grupą Ulbrichta został odwołany z powrotem do Berlina.
Krummacher został początkowo mianowany pastorem w Berlinie-Weißensee i kuratorem Berlina-Landu. W 1946 objął urząd generalnego superintendenta Berlina. Teraz ponownie pracował pod kierunkiem Dibeliusa, który w 1945 roku został biskupem Berlina-Brandenburgii. Już w 1945 roku Krummacher był współzałożycielem istniejącego do dziś protestanckiego tygodnika „Die Kirche”. Po tym jak sowieccy okupanci utworzyli na swoim terenie obozy internowania dla więźniów politycznych, Krummacher starał się zapewnić więźniom opiekę kościelną.
Kiedy w 1954 roku zmarł biskup Pomorskiego Kościoła Ewangelicko Karl von Scheven, Dibelius, który teraz został także przewodniczącym Konferencji Kościoła Wschodniego (), prowadził kampanię na rzecz Krummachera na jego następcę, ponieważ spodziewał się, że jego uczeń będzie kontrapunktem dla przyjaznego rządowi biskupa Turyngii Moritza Mitzenheima.