Zbiory muzeum obejmują okres od prehistorii do czasów współczesnych, z naciskiem na kulturę przedislamską (starożytną oraz wczesnośredniowieczną) oraz islamską. Wśród eksponatów znajdują się m.in. naczynia, posągi, dekoracje oraz wyroby z metali. Najstarsze zbiory pochodzą sprzed ponad 50 tys. lat. prehistoryczne: kielichy, puchary i wazy oraz ich fragmenty; pieczęcie wykonane ze steatytu; pozyskany ze stanowiska archeologicznego w otoczak wapienny z wyrzeźbioną ludzką twarzą, uznawany za jedno z najwcześniejszych przedstawień ludzkiej twarzy wykonanej ludzką ręką; terakotowe statuetki przedstawiające ludzi oraz zwierzęta starożytne i wczesnośredniowieczne (przedislamskie): blanki wykonane z wapienia; brązowe i miedziane statuetki; część wyposażenia gimnazjonu w Ajchanom (m.in. fragmenty zegara słonecznego); emblematy wykonane z gipsu, nawiązujące do mitologii greckiej; fragmenty glinianych rzeźb przedstawiających ludzi; fragmenty heroonu – założyciela Ajchanom; fragmenty pałacu w Ajchanom (m.in. antefiksy oraz dekoracje); fragmenty posągów z okresu Kuszanów; fragmenty wapiennych fryzów mogących służyć do wystroju greckich świątyń; gargulce wykonane z wapienia; meble oraz statuetki z kości słoniowej; monety datowane na okres od IV w. p.n.e. do III w. n.e.; szkatułki i pokrywki wykonane z łupku;