Na początku XXI wieku muzeum włączono do Szlaku Architektury Drewnianej (2002), a do repertuaru imprez dołączyły wydarzenia takie jak Dzień Kartofla (od 2003) i Piknik Malarski „Sielskie Klimaty” (od 2004).

W 2012 roku instytucja zaczęła organizować Noc w Muzeum, a w 2013 roku oddano do użytku pierwszy w jej historii budynek administracyjno-wystawienniczy (wcześniej biura zlokalizowane były w tymczasowych barakach). W latach 2014–2017 zrealizowano projekty rewitalizacji systemów wodnych, budowy nowych obiektów oraz rekonstrukcji kościoła ewangelickiego z Bobrka. W tym okresie muzeum rozpoczęło także intensywną działalność wydawniczą oraz zostało wpisane do Państwowego Rejestru Muzeów. W 2019 roku muzeum osiągnęło najwyższą w swojej historii frekwencję – ponad 100 tysięcy zwiedzających.

Okres pandemii COVID-19, przyniósł ograniczenia w udostępnianiu ekspozycji, które odbiły się znaczącym spadkiem frekwencji i koniecznością zmiany funkcjonowania instytucji w latach 2020–2022. W 2023 roku powstała Dygająca Kapela, czyli zespół śpiewaczy