Za radą Herbesta, udał się do biskupa Jakuba Uchańskiego i rozpoczął pracę nauczyciela łaciny, greki i niemieckiego.
W 1562 roku Uchański został prymasem i wysłał Wujka wraz z dwoma swoimi bratankami do Kolegium jezuickiego w Wiedniu. Studiował filozofię pod kierunkiem Filipa Widmanstadta i dwa lata później uzyskał magisterium. Po powrocie do Polski, Uchański mianował go kanonikiem łęczyckim i swym sekretarzem. W 1565 roku postanowił wstąpić do jezuitów. Ponieważ w Polsce nie było wówczas nowicjatu, musiał udać się do Rzymu. 25 lipca rozpoczął życie zakonne, a 8 grudnia złożył pierwsze śluby i przeniósł się na studia teologiczne do Collegium Romanum. Będąc studentem, prowadził jednocześnie wykłady z języka hebrajskiego. Nie zdążył ukończyć studiów w Rzymie, gdyż we wrześniu 1567 roku musiał wracać do Polski. Z polecenia prowincjała Franciszka Sunyera, przed 5 listopada w Braniewie odbył egzamin magisterski ze sztuk wyzwolonych i bakalaureat z teologii. Następnie udał się do Pułtuska, gdzie nauczał retoryki i katechizmu. W kwietniu 1568 roku generał zakonu jezuitów Franciszek Borgiasz wyraził zgodę, by Wujek mógł złożyć profesję wieczystą i przyjąć sakrament święceń. 3 października złożył śluby, a w listopadzie przyjął święcenia.