Afiliacje Pełni, między innymi, funkcję współpracownika naukowego (Research Associate) w National Bureau of Economic Research, starszego pracownika naukowego (Fellow) w oraz członka Międzynarodowej Rady Doradczej w Centrum Analiz Społeczno-Ekonomicznych (CASE). Był również członkiem Panelu Doradców Ekonomicznych . W latach 2006–2007 był profesorem wizytującym w Peterson Institute for International Economics, gdzie w latach 2008–2019 pełnił funkcję starszego pracownika naukowego (Fellow). Jest autorem wielu publikacji w mediach i współpracownikiem Project Syndicate od 2007 roku.
Był członkiem-woluntariuszem Zespołu ds. Przeglądu Agencji przygotowującego przejęcie władzy przez Prezydenta Joe Bidena i jego administrację w 2021 roku – Johnson wspierał działania zespołów ds. Departamentu Skarbu Stanów Zjednoczonych i Rezerwy Federalnej.
Badania i publikacje Simon Johnson jest wraz z autorem książki z 2010 roku pt. 13 Bankers: The Wall Street Takeover and the Next Financial Meltdown () dotyczącej wielkich amerykańskich banków w trakcie kryzysu finansowego w latach 2007–2008.