W sposób typowy występuje racjonalizm genetyczny u jednego z głównych przedstawicieli racjonalizmu nowożytnego, Kartezjusza. W odróżnieniu od Platona, Kartezjusz wywodzi racjonalizm genetyczny wyłącznie z analizy epistemologicznej, odrzucając rozumowania o charakterze ontologicznym. Analiza ta dąży do uzyskania wiedzy pewnej. Kartezjusz wyróżnił trzy idee wrodzone (ideae innatae) stanowiące wrodzone treści świadomości ludzkiej – ideę Boga, ideę duszy i ideę ciała.
Kontrowersja między racjonalizmem i empiryzmem genetycznym należała do głównych sporów filozoficznych XVII i XVIII wieku – krytycznie odniósł się do tego drugiego późniejszy wielki nurt filozofii nowożytnej, empiryzm nowożytny. Obejmował on przede wszystkim XVIII-wiecznych filozofów brytyjskich, takich jak John Locke, David Hume i George Berkeley. Według empirystów doświadczenie jest jedynym źródłem poznania, w umyśle nie istnieje żadne doświadczenie poprzedzające (stanowi on tabula rasa).