Bauhin przygarnął innego młodego Ślązaka - zarażonego w Genewie malarią, pochodzącego z Gryfowa Śląskiego Caspara Schwenckfelda (1563–1609). Wyleczył go, umożliwił ukończenie studiów medycznych i zapoznał ze stosowanymi przez siebie metodami badawczymi w dziedzinie botaniki, dzięki czemu w przyszłości Schwenckfeld miał zyskać miano "Śląskiego Pliniusza"Mirosław Syniawa, Rafał Syniawa: Śląski Pliniusz [w:] "Przyroda Górnego Śląska" nr 19, wiosna 2000, s. 14-15.
Bauhin był trzykrotnie żonaty: w 1581 z Barbarą Vogelmann (z tego związku miał córkę), w 1596 z Marią Bruggler, a po 1597 z Magdaleną Burckhardt (z którą miał dwie córki i syna).
Prace w dziedzinie anatomii W wieku 19 lat wydedukował, a następnie udowodnił na materiale sekcyjnym istnienie zastawki krętniczo-kątniczej. Podczas wykładów i pisania podręczników wzorował się na pracach Wesaliusza. O znaczeniu opublikowanego przez niego dzieła Theatrum anatomicum świadczą liczne cytaty w pracach późniejszych anatomów, w tym Williama Harveya.