W pierwszych miesiącach istnienia Komitet stał się miejscem spotkań i dyskusji uczniów z kilkunastu warszawskich liceów. Mimo lokalnego zasięgu, propagował i animował działalność samokształceniową, próbował organizować samorządy szkolne, kolportował wydawnictwa i druki drugoobiegowe. Aktywnie wspierał dystrybucję podziemnej prasy i książek w warszawskich liceach. Wiosną 1988 zapadła na spotkaniu u Boratyńskiego decyzja o przejmowaniu sejmików samorządów uczniowskich w Warszawie przez członków MKS. Zamysł ten udało się zrealizować, dzięki wykorzystaniu luki w prawie oświatowym PRL.mały|Trzynasty numer pisma "Wydarzenia" wydany 6.09.1989Wczesną wiosną 1988 doszło do spotkania członków MKS (m.in. Jakuba Boratyńskiego, Macieja Krupy, Aleksandra Jakuba Paszyńskiego i Stanisława Trzcińskiego), podczas którego zapadła decyzja o organizowaniu komórek Komitetu w warszawskich szkołach oraz przygotowaniach do demonstracji 3 maja. Pochodną tej inicjatywy były cykliczne spotkania członków i sympatyków MKS w salce katechetycznej kościoła Najświętszego Zbawiciela. Młodzież wymieniała się informacjami o sytuacji w szkołach i dyskutowała o możliwych działaniach. Każdą placówkę reprezentowała jedna osoba, pełniąca rolę szefa lokalnej komórki MKS w danej szkole.