Legalna struktura MKS wykrystalizowała się 9 czerwca 1989, kiedy to Jakub Boratyński i Tomasz Roguski zorganizowali i nadzorowali przebieg wyborów do Tymczasowego Prezydium MKS. Na jego czele stanął po drugiej turze głosowania Piotr Węcowski. Oprócz niego w prezydium znaleźli się: Marcin Palade, Aleksander Jakub Paszyński, Olgierd Sawa, Stanisław Trzciński, Łukasz Wajs i Mariusz Wojda. W okresie „drugiego”, bardziej sformalizowanego MKS, utworzono także – choć w różnym czasie – komisje: gospodarczą, rewizyjną (obiema kierował Aleksander Jakub Paszyński), kontaktów zewnętrznych (za relacje z kuratorium i Ministerstwem Edukacji Narodowej odpowiadał Olgierd Sawa, a ze szkołami, organizacjami Piotr Węcowski), wydawniczą (ze Stanisławem Trzcińskim), kulturalną (z Bogną Pawlisz), samorządową i do spraw samorządów szkolnych (obie z Wojciechem Doroszem), kontaktów zagranicznych (z Rafałem Trzaskowskim) oraz finansową.