Zwolniony z wojska w 1921 został zweryfikowany jako podporucznik rezerwy piechoty. Zamieszkał w Felicjanowie koło Święcian i założył rodzinę. W 1925 powołany do służby czynnej i mianowany z dniem 1 marca tego roku porucznikiem piechoty, służył w 1 kompanii ckm 84 pułku piechoty. Od 1 kwietnia 1930 oficer wywiadu Korpusu Ochrony Pogranicza, w Batalionach „Żytyń”, „Sienkiewicze” i w Dowództwie KOP. Awansowany 1 stycznia 1933 na kapitana piechoty. Od 1937 był adiutantem 26 pułku piechoty. W marcu 1939 był dowódcą plutonu łączności tego pułku.
Po wybuchu wojny 1939 pierwszy rzut pułku został przetransportowany w okolice Warszawy i walczył w obronie stolicy. Z nadwyżek rezerwistów zorganizowano 2 improwizowane bataliony, które włączyły się do obrony Lwowa. Prawdopodobnie z nimi przybył do Lwowa Józef Janiszewski, który od 15 września sprawował funkcję oficera informacyjnego Oddziału II Dowództwa Grupy Obrony Lwowa. 22 września miasto zostało oddane Armii Czerwonej. Warunki kapitulacji zapewniały wolność osobistą oficerów. Sowieci złamali warunki kapitulacji. Józef Janiszewski trafił wraz z innymi oficerami do niewoli sowieckiej. Wywieziono ich do obozu jenieckiego w Starobielsku, skąd w kwietniu i maju 1940 byli przewożeni do siedziby NKWD w Charkowie i tam zabijani strzałem w tył głowy.