W akcji tej, zdaniem Yaffy Eliach, miał brać udział 150-osobowy oddział polski, w tym około 80 umundurowanych żołnierzy Armii Krajowej, a akcja miała być wymierzona bezpośrednio w cywilną ludność żydowską. Yaffa Eliach stwierdziła także, że NKWD po tej akcji przeprowadziło własne śledztwo, w wyniku którego większość uczestników pogromu została wykryta, aresztowana i osądzona w Wilnie oraz skazana na wieloletnie kary pozbawienia wolności i zesłanie na SyberięYaffa Eliach, Pogrom at Eishyshok, „The New York Times”, http://www.nytimes.com/ref/opinion/27opclassic.html.
Z wersją wydarzeń podawaną przez Yaffę Eliach nie zgodził się prof. Marek Jan ChodakiewiczMarek Jan Chodakiewicz, Ejszyszki. Kulisy zajść w Ejszyszkach. Epilog stosunków polsko-żydowskich na Kresach 1944–1945, Wydawnictwo Fronda, Warszawa 2003. W książce poświęconej wydarzeniom w Ejszyszkach twierdzi on, że zajść tych nie można nazwać pogromem, a jedynie przypadkową tragedią mającą miejsce w trakcie działań wojennych. Według Chodakiewicza dwie ofiary ataku zginęły przypadkowo, a właściwym celem ataku oddziału AK miało być porwanie zakwaterowanego w tym domu kapitana radzieckiego wywiadu wojskowego. Oficer mieszkał w domu Sonensonów, gdyż mąż zabitej Cipory Sonenson, Mosze, działał jako współpracownik NKWD.