1998-2004: The Neptunes thumb|left|Pharrell Williams, 2005 W 2001 roku duet The Neptunes wyprodukował singiel „I'm a Slave 4 U” dla Britney Spears, z którym po raz pierwszy dotarli do pierwszego miejsca notowania Hot 100. W tym samym roku zespół N.E.R.D (założony przez Williamsa, Hugo i Haleya) wydał swój debiutancki album długogrający zatytułowany In Search of... Kilka tygodni później muzycy postanowili nagrać płytę jeszcze raz, tym razem we współpracy z rockowym zespołem Spymob. Album został wydany ponownie w 2002 roku. W tym samym roku duet ponownie zajął pierwsze miejsce w amerykańskim notowaniu przebojów, tym razem jako producenci piosenki „Hot in Herre” Nelly’ego.
W sierpniu The Neptunes zostali uznani za Producentów roku podczas wręczenia statuetek The Source Awards i Billboard Music Awards. W 2002 roku wydali pierwszy album studyjny zespołu Clipse zatytułowany Lord Willin’. Krążek zadebiutował na pierwszym miejscu zestawienia Top R&B/Hip-Hop Albums oraz na czwartym miejscu Billboard Hot 200. W kolejnym roku ukazała się płyta The Neptunes pt. The Neptunes Present... Clones, która dotarła na szczyt amerykańskiej listy najczęściej kupowanych albumów. Zespół wyprodukował także dwa utwory – „Change Clothes” i „Allure” – na płytę Jaya-Z zatytułowaną The Black Album.