Na początku XVII wieku (1603) drewniany kościół parafialny stał na prawym brzegu Bugu, tam gdzie lokowano nowe miasto i poświęcony był Najświętszej Marii Pannie oraz śś. Apostołom Piotrowi, Pawłowi i Janowi. W r. 1633 rozbudowano go o kaplicę Świętej Trójcy ufundowaną przez Tomasza Zagrobskiego, właściciela wsi Konotopy i Wasylów. Świątynia została ograbiona i sprofanowana przez Kozaków i Rusinów z okolicznych wsi podczas powstania Chmielnickiego. Najprawdopodobniej po tym wydarzeniu przystąpiono do budowy nowego kościoła, ponieważ źródła z 1672 roku opisują go jako budowlę murowaną. We wrześniu 1678 wybuchł w kościele pożar, który strawił dach wraz z więźbą, ale wyposażenie nie ucierpiało, a szkody naprawiono do 1680 roku. Źródła z 1714 roku opisują kościół w Sokalu jako poświęcony św. Janowi Chrzcicielowi, wewnątrz znajdowało się aż osiem ołtarzy, a dwa kolejne ustawione były w kaplicy Matki Boskiej Różańcowej. Świątynia była bogato wyposażona w sprzęty i szaty liturgiczne.