Historia Wieś lokowana była na prawie chełmińskim w 1390. Obszar wsi wynosił 40 włók, z których sześć należało do sołtysa. Osadnicy płacili czynsz z każdej włóki po pół grzywny oraz w naturze po dwie kury. We wsi była karczma, której właściciel płacił czynsz w wysokości jednej grzywny i ośmiu skojców do 11 listopada (św. Marcina), kiedy w państwie krzyżackim zamykał się rok podatkowy.
Wieś będąca własnością rodziny von Königsegg została dwukrotnie zniszczona: w czasie wojny trzynastoletniej 1454-1466 i później w czasie wojny polsko-krzyżackiej (1519–1521). W XVII-XVIII w. wieś była we władaniu rodzin von Hülsen, von Bonin, a następnie von Borcke.
W roku 1913 las w Babieńcu należał do Gustava von Borcke ze Szczecina, który był właścicielem pobliskich Płutnik i Staryni.
Po zakończeniu drugiej wojny światowej wieś weszła w skład Polski. Opuszczony Babieniec zasiedlili polscy repatrianci z Kresów Wschodnich, a także ludność ukraińska przesiedlona w ramach Akcja „Wisła”.
W roku 1970 w Babieńcu funkcjonowała czteroklasowa szkoła podstawowa, włączona potem do Szkoły Podstawowej w Garbnie. W 1973 r. sołectwo Babieniec obejmowało: wieś Babieniec, Gudniki wieś i PGR, os. Młynisko (dawny folwark położony ok.