Pierwsza kaplica zakonu pijarów była drewniana i powstała wraz z ufundowaniem szkoły w r. 1688. Przed 1690 rozpoczęto wznoszenie murowanego kościoła, prace musiały postępować szybko, ponieważ na fasadzie umieszczono dużą tablicę fundacyjną z inskrypcją, w której wymieniono rok 1693 jako moment ukończenia kościoła (zapewne wtedy był ukończony w stanie surowym). Pierwsze projekty kościoła, tak jak klasztoru przygotował Tylman z Gameren, ale ostatecznie zrealizowano inny projekt. Kościół został uszkodzony w pożarze w r. 1763M. Kurzej, Kościół Pijarów, później parafialny pw. Św. Marka w Warężu, [w:] Kościoły i klasztory rzymskokatolickie na terenie dawnego województwa bełskiego, t. 1, red. A. Betlej, A. Dworzak, Kraków 2021, s. 1119..
W r. 1785 placówka pijarów została skasowana, a kościół został przekazany na świątynię parafialną. W związku z tym przeniesiono do kościoła popijarskiego wyposażenie dawnego kościoła parafialnego pw. Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny i św. Stanisława w Warężu. W r. 1810 rząd austriacki skonfiskował część sprzętów liturgicznych, ale kościół w kolejnych latach był stanie dobrym. W r. 1851 spłonęła dzwonnica i została odnowiona, wymieniono także dzwony, a w r. 1896 remontowano organy, a na początku XX wieku przebudowano hełmy wieżM. Kurzej, Kościół Pijarów, później parafialny pw. Św.