Mimo, iż wykopaliska dowodzą, że pewne wczesne elementy kultury harappańskiej są już dostrzegalne w kulturze późnego Balakotu, pomiędzy obiema fazami rozwoju osady widać wyraźny okres przejściowy obejmujący, w zależności od datowania, od 100 do 250 lat, z którego brak jakichkolwiek śladów zamieszkania osady. Podejrzewa się, że pojawienie się późniejszej kultury Indusu nastąpiło w sposób nagły, prawdopodobnie przez migrację ludnościMukhtar Ahmed, Ancient Pakistan – An Archaeological History. Volume II: A Prelude to Civilization. 2014 p.364.
Nowsze interpretacje wyników badań z lat 70. XX wieku twierdzą, że okres przejściowy w Balakocie mógł być znacznie krótszy niż dotychczas sądzono. Wskazuje się, że warstwa osadów z czasów przejściowych ma nieregularną grubość, a pozostałości z okresów I i II bywają wymieszane ze względu na erozję. Vogt twierdzi, że pomimo pojawiania się induskich motywów i kształtów w okresach IC oraz ID, okres II (właściwy harappański) nie jest efektem rozwoju okresów poprzednich bezpośrednio w Balakocie, a pojawieniem się osadników z dojrzałej kultury harappańskiej po krótkim okresie trwania pustki osadniczej.