Po powrocie do kraju w 1892 dowiedział się, że bliskie mu osoby znalazły się w trudnej sytuacji z uwagi na swoją aktywność polityczną. Leon został aresztowany a następnie zesłany do Lepanto. Rizal z kolei przymusowo był przetrzymywany w Dapitan. Galicano doskonale zdawał sobie sprawę z tego, że dla władz kolonialnych pozostaje jednostką podejrzaną i niepewną. Nie tylko zresztą z uwagi na mogącą być uznaną za wywrotową ale również z racji na przynależność do wolnomularstwa. W tej sytuacji zdecydował się udać na emigrację, tym razem już o wydźwięku wyraźnie politycznym. Za jej cel wybrał Hongkong.
Po przybyciu do brytyjskiej kolonii został włączony jako doradca w skład Alto Consejo de los Revolucionarios. Kierował także Comite Central Filipino. W 1899 wraz z Rafaelem del Pan wysłany do Stanów Zjednoczonych w celu podjęcia rozmów z władzami amerykańskimi. Do rodzinnego kraju powrócił w 1903, koncentrując się przez pewien czas na praktyce lekarskiej. Między 1906 a 1907 pracował w manilskim szpitalu świętego Łazarza. Nie porzucił niemniej aktywności politycznej. W 1907 wybrany został na gubernatora swojej rodzinnej prowincji. Od 1909 do 1912 zasiadał w krajowym parlamencie, również reprezentując Batangas.