Podczas przesłuchiwania w Gdańsku Lesikowski był torturowany oraz został oślepiony. Przez niecałe dwa miesiące przebywał w celi nr 2 w więzieniu gdańskim przy Neugarten 27. Celę dzielił z Leonem Łanieckim, emisariuszem łączności zagranicznej Komendy Głównej AK, oraz Janem Biangą, członkiem Tajnej Organizacji Wojskowej „Gryf Pomorski”, który przeszedł na stronę gestapo. Bianga miał za zadanie przekazywać gestapo treść rozmów pomiędzy Lesikowskim i Łanieckim. W więzieniu Lesikowski świadomie otruł się mydłem i trafił do szpitala, skąd planował uciec.

Lesikowski i Łaniecki trafili do obozu koncentracyjnego Stutthof. Zdaniem Andrzeja Gąsiorowskiego Lesikowski został skazany na karę śmierci przez doraźny sąd policyjny w Gdańsku, jeszcze przed wywiezieniem skazanego do obozu. Lesikowski został osadzony w bloku nr 13. 15 lub 26 lipca 1944 roku Lesikowski i Łanicki zostali powieszeni na szubienicy obozowej (według innego źródła obaj mieli zostać rozstrzelani).

Lesikowski został pochowany na cmentarzu na Zaspie w Gdańsku.

W 1948 roku został pośmiertnie odznaczony Orderem Krzyża Grunwaldu III klasy.