Jedną z większych prac było wykonanie w latach 1887–1891, na zlecenie biskupa warmińskiego Thiela, dekoracji malarskiej całego wnętrza katedry fromborskiej. Jej wykonanie w stylu neogotyckim wzbudziło jednak kontrowersje. Poddawano krytyce zbyt sztywnie potraktowanie wnętrza katedry ornamentem, nadmierne złocenia i jaskrawą kolorystykę świątyniTadeusz Piaskowski, Henryk Szkop Zabytki Fromborka, Muzeum Mikołaja Kopernika we Fromborku, Frombork 2003, s. 41.mały|240x240px|Bazylika w Braniewie z malowaniem filarów Justusa BornowskiegoW latach 1892–1893 Justus Bornowski wykonał polichromię wnętrza katedry w Braniewie w ramach prowadzonych prac renowacyjnych świątyni. Polichromią pokrył sklepienia (żebra i zworniki), filary z fryzami i ściany (fryz świątynny) oraz łuk tęczowy i prezbiterium. Katedra w Braniewie została podczas II wojny światowej zburzona, w latach 80. odbudowana. W 2019 konserwator zabytków Katarzyna Polak opracowała Program prac konserwatorskich i restauratorskich ścian wewnętrznych, filarów i sklepień bazyliki mniejszej pw. św. Katarzyny Aleksandryjskiej w Braniewie i w latach 2024–2026 odtworzony został XIX-wieczny wygląd malowań Justusa Bornowskiego filarów tej świątyniProgram prac konserwatorskich i restauratorskich ścian wewnętrznych, filarów i sklepień Bazyliki Mniejszej pw. św.