Reuters, powołując się na źródła zaznajomione ze wstępnymi wynikami wstępnego śledztwa, przeprowadzonego przez Azerbejdżan w sprawie zdarzenia, podał, że samolot został trafiony przez system Pancyr-S1 rosyjskiej obrony powietrznej. Eksperci zaznaczają, że ślady na elementach samolotu sugerują trafienie pociskiem odłamkowym, a ocalali z katastrofy donosili o eksplozji i odłamkach uderzających w samolot.
Kreml przez wiele miesięcy dementował udział rosyjskiej obrony powietrznej w tej katastrofie, a Rosyjska Federalna Agencja Transportu Lotniczego podtrzymywała sugestię, że wypadek mógł zostać spowodowany przez zderzenie z ptactwem, co poskutkowało głębokim kryzysem dyplomatycznym pomiędzy Azerbejdżanem a Rosją. 9 października 2025 r. w trakcie spotkania z prezydentem Azerbejdżanu Władimir Putin przyznał, że odpowiedzialność za katastrofę samolotu ponosi rosyjska obrona przeciwlotnicza.