Jaskinia Zápoľná została odkryta przez przypadek podczas terenowych prac przygotowawczych do budowy zbiornika zaporowego na Czarnym Wagu, w trakcie prowadzenia odwiertów geologicznych w latach 1939-1941, kiedy to wykonujący wiercenia przedostali się do wejściowej części jaskini. Pierwotnie była to niewielka jaskinia o głębokości 14 m. Opisał ją później A. Droppa (1962), który w oparciu o intensywny przewiew z otworu zakładał istnienie dalszych podziemnych pustek. W tym czasie długość jaskini wynosiła ok. 50 m, a głębokość 30 m.
Przewidywane pustki speleolodzy spenetrowali dopiero w drugiej połowie lat 90. XX wieku. W trakcie prac eksploracyjnych, prowadzonych przez członków Słowackiego Towarzystwa Speleologicznego (Slovenská speleologická spoločnosť), w latach 1997 i 1998 odkryto nowe, rozległe przestrzenie jaskiniowe. Na przełomie tysiącleci długość korytarzy jaskini wynosiła 1593 m. Obecnie (wg danych na 2024 r.) łączna długość korytarzy jaskini ma długość 1848 m, a rozpiętość pionowa jaskini wynosi 59 m.
Przypisy Zdenko Hochmuth: Krasové územia a jaskyne Slovenska, w: “Geographia Cassoviensis”, ročník II., 2 / 2008, wyd. Univerzita Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach, Košice 2008, ISSN 1337-6748, s. 91;
Kategoria:Jaskinie Kozich Grzbietów