W latach 1815–1846 Bibice należały do Wolnego Miasta Krakowa. Mieszkało w nich wówczas 30 kmieci, 16 zagrodników, 2 chałupników i 10 komorników. Oprócz rolnictwa zajmowali się również przewozami na furmankach. 19 czerwca 1816 r. gromada bibicka wystosowała memoriał do Senatu Wolnego Miasta Krakowa z prośbą o przywrócenie dawnych praw. W 1829 r. mimo oporu klasztoru zwierzynieckiego pańszczyzna została zamieniona na czynsze. Dwa lata później epidemia cholery doprowadziła do zgonu 46 Bibiczan, pochowanych na cmentarzu cholerycznym.
W latach 1846–1918 Bibice ponownie należały do austriackiej Galicji. 21 listopada 1855 r. nastąpiło uwłaszczenie chłopów. W okresie tym zlikwidowano również dziesięciny: 450 zł polskich dla norbertanek i 20–30 zł polskich dla prebendy świętej Marii Egipcjanki na Wawelu.
W 1863 r. Bibiczanie pomagali walczącym z Rosją powstańcom. Kilka lat później we wsi przebywał etnograf badający pieśni i zwyczaje ludowe Oskar Kolberg.
28 lutego 1868 r. powstała w miejscowości szkoła trywialna 3–klasowa. Jej pierwszym nauczycielem został Ludwik Kołodziejczyk. W 1891 r. zbudowano nową szkołę murowaną.
W latach 1890–1893 działało we wsi Koło Ludowe.
Dorośli mężczyźni w Bibicach posiadali prawa wyborcze do parlamentu austriackiego. W wyborach w 1897 r.