W 1999 roku, nadal pracując nad Vagabond, Inoue rozpoczął tworzenie swojej trzeciej mangi koszykarskiej, Real, która koncentruje się na koszykówce na wózkach inwalidzkich. W 2001 roku manga ta zdobyła nagrodę za doskonałość na Japan Media Arts Festival. Inoue stworzył także projekty postaci do gry RPG na konsolę Xbox 360, Lost Odyssey, opartych na wstępnych materiałach dostarczonych przez Hironobu Sakaguchiego. Sakaguchi wybrał Inoue ze względu na jego talent do przedstawiania „ludzi” oraz umiejętność „ilustrowania wewnętrznych emocji postaci”, ponieważ celem gry było zgłębianie ludzkiej natury.
W marcu 2011 roku Inoue namalował duże obrazy przywódcy buddyjskiego Shinrana na dwunastu parawanach, które zostały wystawione w świątyni Hongan-ji w Kioto. Obrazy przedstawiają Shinrana i Hōnena brodzących w wodzie z grupą uczniów oraz wizerunek Shinrana z ptakiem.
W 2013 roku Inoue opublikował ilustrowany pamiętnik z podróży o życiu i architekturze Antoniego Gaudíego, zatytułowany Pepita: Takehiko Inoue Meets Gaudí, w którym szczegółowo opisuje swoje przemyślenia i podróże po Katalonii.