Hipotezy naukowe Według (poetki i specjalistki w dziedzinie literatury angielskiej i australijskiej) plagi egipskie mogły być spowodowane zaburzeniami ekosystemu Nilu, wywołanymi przez wyjątkowo silne letnie powodzie. Powodzie te przyniosły czerwone wiciowce z górskich jezior Etiopii, a także większe niż zwykle ilości czerwonawych osadów z Wyżyny Abisyńskiej.
Inną hipotezą, odrzuconą przez większość egiptologów (m.in. ), była na wyspie Santoryn w XVII lub XVI w. p.n.e. Według tej teorii czerwony pył pumeksowy z pierwszej fazy erupcji przedostał się do Egiptu, zabarwiając wodę na czerwono i ją zatruwając. Amerykańska w 1973 roku zaproponowała geologiczną interpretację plag egipskich. Według niej jest mało prawdopodobne, aby pył wulkaniczny został pomylony z krwią; przypuszczała raczej, że zmiana koloru wody mogła być spowodowana zakwitem glonów. Dopuszczała też możliwość wywołania zakwitu „dziwnymi warunkami pogodowymi” po erupcji wulkanu, nie podając jednak konkretnych hipotez. Ogólnie zgadzała się z przypuszczeniami epidemiologów H.M.