GE999 W 1996 roku Matsumoto rozpoczął pisanie nowej serii mang pod tytułem GE999, których akcja dzieje się rok po wydarzeniach z oryginalnej serii. Ziemia jest zniszczona, a Tetsuro musi odnaleźć źródło ciemności, która stanowi zagrożenie dla całego wszechświata. Nowa seria zakończyła się w 1999 roku, czasem dla odróżnienia jej od oryginalnej serii mang nazywa się ją Eternal-hen (Eternal Chapters).
Galaxy Express 999 Another Story: Ultimate Journey Manga opowiadająca od nowa historię z oryginalnej serii ilustrowana przez Yuzuru Shimazakiego zaczęła się ukazywać w magazynie Champion Red wydawnictwa Akita Shoten 19 marca 2018 roku. Była ona jednym z elementów obchodów 80. urodzin Matsumoto. Przyszłość mangi stała pod znakiem zapytania od śmierci jej twórcy w 2023 roku, ale wróciła do sklepów w grudniu 2024 roku, po dwu-i-półrocznej przerwie.
Filmy Galaxy Express 999 Filmowa adaptacja Galaxy Express 999 ukazała się w 4 sierpnia 1979 roku. Podobnie jak w serialu, Tetsuro i Maetel wyruszają w podróż, zatrzymując się na czterech różnych planetach. Planetą Maetel jest zmechanizowany świat, w którym tworzone są mechaniczne ciała.