Wieża kościelna runęła niszcząc dach naw, ocalały jedynie mury. We wrześniu 1994 założono stowarzyszenie Förderkreis Nikolaikirche Anklam eV zajmujące się ochroną dawnej świątyni przed dalszym niszczeniem. W latach 1995–1996 budowlę przykryto tymczasowym dachem, a w 1999 udostępniono ją zwiedzającym. 2 października 2004 świątynię konsekrowano i przekazano miastu Anklam na okres 99-letniej dzierżawy. W 2004 roku zrekonstruowano witraż z podobizną św. Mikołaja, w 2010 ukończono remont wieży. W latach 2010–2011 na miejscu tymczasowego dachu wykonano nowy o kształcie dachu istniejącego tu przed wojną, a w 2014 zainstalowano kolejne witraże autorstwa Grahama Jonesa. 17 grudnia 2022 ukończono pierwszy etap odbudowy. Wnętrze kościoła służy jako sala wystawiennicza poświęcona Ottonowi Lilienthalowi, konstruktorowi szybowców.
Architektura Świątynia trójnawowa, o układzie halowym, reprezentująca gotyk ceglany. Przed II wojną światową wieża miała wysokość 103 metrów, od 1945 wynosi ona 45 metrów. Podczas odbudowy ulokowano na niej taras widokowy.