Jesienią 1943 roku na terenie Bączala Górnego rozegrała się jedna z ważniejszych akcji zbrojnych podziemia z terenu gminy Skołyszyn, polegająca na zniszczeniu przez grupy wypadowe Gwardii Ludowej zlewni kontyngentowego mleka, której rezultatem była dezorganizacja jego poboru dla okupanta hitlerowskiego. Od 1 maja 1944 roku działała założona podczas zebrania w tutejszym lesie konspiracyjna Gminna Rada Narodowa, a 8 września 1944 powstała tutaj konspiracyjna jasielska Powiatowa Rada Narodowa.
14 sierpnia 1942 roku w lesie „Dąbry” w Rzepienniku Strzyżewskim rozstrzelano rodziny Żydów przywiezione z getta w Bobowej i Bieczu, w tym 8 Żydów pochodzących z miejscowości Bączal Górny. Byli to członkowie rodzin Lista Jankiela (4 osoby) i Randa Natana (4 osoby).
Pomimo ubóstwa i ciężkich warunków lokalowych po bestialskim wysiedleniu mieszkańców Jasła zgodnie z wydanym rozkazem ówczesnego starosty jasielskiego Waltera Gentza z 13 września 1944 znaczna część ludności miasta otrzymała schronienie w domostwach chłopskich rodzin w Bączalu Górnym. Akcji humanitarnej przewodził ks. Florian Zając.
W okresie PRL w latach 1954-1961 Bączal Górny należał wraz z Opaciem i Bączalem Dolnym do gromady Bączal Dolny, a po zniesieniu tejże gromady 31 grudnia 1961 do gromady w Skołyszynie.