Włączył się w podziemną akcję dobroczynną, którą organizował ks. Jan Macha, wikary parafii św. Józefa w Rudzie. Była to działająca w Rudzie organizacja „Konwalia”, której celem było niesienie pomocy materialnej ofiarom niemieckiego terroru i duchowe wspieranie ludzi. Joachim Gürtler był bliskim współpracownikiem ks. Jana Machy, a znał się z nim już od czasów seminarium. Po śmierci ojca 27 października 1940 roku zmuszony został do podjęcia pracy fizycznej w firmie w Łabędach celem utrzymania rodziny.
Nocą 7 marca 1941 roku wraz z dwoma braćmi został aresztowany przez Gestapo, dzień po aresztowaniu ks. Jana Machy. Obaj zostali osadzeni najpierw w tymczasowym więzieniu w Mysłowicach, później w Bytomiu, po czym ostatecznie znaleźli się w więzieniu przy późniejszej ulicy Mikołowskiej w Katowicach. Z więzienia wysyłał grypsy oraz oficjalną korespondencję.
Niemiecki sąd krajowy w Katowicach 17 lipca 1942 roku skazał go wraz z ks. Janem Machą i Leonem Rydrychem na karę śmierci za udzielenie pomocy materialnej polskim rodzinom. Wyrok ten poprzez zgilotynowanie został wykonany w katowickim więzieniu 3 grudnia tego samego roku.