29 czerwca 1869 roku przyjął święcenia kapłańskie, po czym 3 sierpnia został wikarym w parafii Wszystkich Świętych w Bieńkowicach. Założył tam polską bibliotekę. W październiku 1871 roku został wysłany do Katowic, by zwalczać tamtejszą wspólnotę Kościoła starokatolickiego działającą pod przewodnictwem ks. Pawła Kamińskiego. Przy katowickiej parafii Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny zakładał liczne polskie związki, m.in. około 1875 roku towarzystwa dla młodzieży męskiej i żeńskiej czy w 1879 roku Katolickie Towarzystwo Pogrzebowe.
W 1869 roku w Katowicach założył Kółko Katolickie, które zrzeszało około 80 członków. Działalność wspólnoty polegała na prenumerowaniu i czytaniu polskich gazet, organizowaniu spotkań towarzyskich i przedstawień teatralnych. Ks. Rudolf Lubecki pełnił w nim także funkcję dyrygenta, reżysera, organizatora widowni, a także reprezentował instytucję przed władzami. Jego następcą został ks. Wiktor Schmidt.
Jego praca w Katowicach przypadła na okres Kulturkampfu. Związał się wówczas Karolem Miarką i podjął współpracę z Katolikiem, a w czasie pobytu redaktorów czasopisma w więzieniu objął rolę jego redaktora. 13 marca 1874 roku został uwięziony za kazanie wypowiedziane w święto Bożego Narodzenia 1873 roku. Przesiedział trzy miesiące.