Na prośbę kardynała Rodolfa Pio di Carpiego, Le Jay został skierowany na pół roku do posługi w Faenzy. Pod koniec 1541 roku dostał polecenie by udać się do Niemiec, wraz z nuncjuszem Giovannim Girolamą Morone, arcybiskupem Robertem Wauchope’em, Nicolásem Bobadillą i Piotrem Faberem. Jay został skierowany do Bawarii i w kwietniu 1542 roku przybył do Ratyzbony. Po roku posługi duszpasterskiej senat zmusił jego i Wauchope’a do opuszczenia miasta, wobec czego Jay udał się do Ingolstadtu. Zaczął wykładać na tamtejszym uniwersytecie, a następnie zaczął się przygotowywać do udziału w sejmie Rzeszy w Wormacji, w którym wziął udział jako doradca kardynała Ottona Truchsessa von Waldburga. Spotkał tam Piotra Kanizjusza, a także usiłował nawrócić na katolicyzm byłego generała kapycunów Bernardina Ochinę. W latach 1545-1547 brał udział w soborze trydenckim. W czasie trwania obrad król Ferdynand I zaoferował mu diecezję Triestu. Jay odmówił i wysłał list do papieża, z prośbą by nie mianować jezuity na żadną stolicę biskupią. Po wielu wysiłkach Igancego Loyoli, nominacja Jaya została odwołana.