W 1994 roku zarządzanie szkołą zostało oficjalnie przejęta przez miejski samorząd. W ramach przekształceń przestała być szkołą sportową, choć zachowała sportowy profil nauczania.
W ramach reformy oświatowej (związanej z gimnazjami) od roku szkolnego 1999/2000 „Trójka” stała się szkołą sześcioklasową. W 2001 roku budynek szkoły opuściło Kolegium Nauczycielskie. Szkoła prowadziła tzw. oddziały gimnazjalne związane z reformą oświaty z 2017 roku i przeszła wówczas z powrotem na system ośmioklasowy.
Patroni szkoły 1968–1998 Tomasz Dąbal 1998– Alfred Freyer
Dyrekcja 1964–1972 Antoni Kowalski 1973–1978 Stanisław Sworst 1979–1984 Stanisław Szkwara 1985–1987 Janina Sworst 1988–1991 Władysław Jakubowicz 1991–2002 Maria Hełmecka 2002–2011 Anna Czaplińska 2011–2016 Anetta Martyniuk 2016– Mirosław Holuk
Znani absolwenci Marek Siwiec – późniejszy szef BBN, uczęszczał do Trójki w latach 60. XX wieku. Jacek Zieliński – piłkarz i późniejszy trener, m.in. Siarki Tarnobrzeg. Robert Korzeniowski – polski olimpijczyk, uczęszczał do szkoły w latach 1980–1983, od 6. do 8. klasy.