Dalsze etapy fazy pucharowej pozostają bez zmian.
Miejsca dla federacji zostaną rozdzielone poprzez współczynnik ligowy UEFA z sezonu 2023/2024. W edycji 2025/2026 Ligi Europy może wziąć udział 77 zespołów (poza zespołami z Rosji, z powodu przeprowadzanej przez nią inwazji na Ukrainę oraz Liechtensteinu, gdzie nie były przeprowadzane krajowe rozgrywki ligowe – drużyny piłkarskie z tego kraju należą do szwajcarskiego systemu ligowego). 45 drużyn z 32 najlepszych federacji kwalifikuje się bezpośrednio do Ligi Europy, natomiast pozostałe to zespoły, które odpadną z eliminacj do Ligi Mistrzów.
Prawo udziału w rozgrywkach uzyskają: zwycięzca w edycji 2024/2025 Ligi Konferencji UEFA (jeśli zdobywca tego trofeum uzyska miejsce w fazie ligowej Ligi Europy lub Ligi Mistrzów poprzez rozgrywki krajowe, jego miejsce zajmie klub fazy kwalifikacyjnej z najwyższym rankingiem klubowym UEFA), dwa zespoły z federacji z miejsc 1–12; po jednym zespole z federacji z miejsc 13–34 (poza Rosją); 32 drużyny wyeliminowane z Ligi Mistrzów UEFA 2025/26.
Lp.FederacjaWspół.Drużyny1 104.303 22 90.2843 89.4894 86.6245 66.8316 61.3007 56.3168 48.8009 38.60010 36.05011 36.05012 32.97513 32.600 114 31.62515 31.52516 31.45017 31.12518 28.00019 27.780