Historia Klasztor ufundował Stanisław Lubomirski, późniejszy wojewoda krakowski, jako wotum dziękczynne za wygraną z Turkami bitwę pod Chocimiem w 1621 r. Budowę rozpoczęto w 1622 r. Prace prowadził nadworny, włoski architekt Lubomirskiego – Maciej Trapola, a do prac budowlanych wykorzystano między innymi jeńców tatarskich. Pierwsi mnisi zamieszkali w zabudowaniach klasztornych w 1630 r. W roku 1635 konsekrowano klasztorny kościół pod wezwaniem Św. Józefa i Zaślubin NMP. Cały kompleks, otoczony bastionowymi fortyfikacjami, ukończono w 1639 r.
Podczas potopu szwedzkiego klasztor, praktycznie niebroniony, został w 1655 roku zajęty przez najeźdźców bez walki (wkrótce potem Szwedzi zajęli również zamek). Wcześniej zakonnicy uciekli na Węgry, a w klasztorze pozostał tylko 1 lub 2 mnichów. W następnym roku Szwedzi opuścili klasztor, rabując bibliotekę i podpalając dach, jednak pozostawili w spokoju skarbiec i kościół, które wcześniej sami zamknęli w obawie przed zrabowaniem. Rok później do klasztoru powrócili mnisi i rozpoczęli jego remont.