po zniesieniu zakonników, to miejsce na więzienie kryminalistów obrócone.
W 1939 roku Niemcy utworzyli na terenie więzienia tymczasowy obóz koncentracyjny. Przetrzymywanych w nim więźniów w połowie 1940 r. przeniesiono do obozu Auschwitz. W tym samym 1940 r. niemieccy żołnierze wynieśli wyposażenie kościoła na dziedziniec i spalili - ślady po tym wydarzeniu widać do dzisiaj na osmalonych murach frontu świątyni. Następnie Niemcy rozebrali kościół do dolnego poziomu budowli. Część materiałów została użyta do przebudowy w Krzeszowicach pałacu Potockich dla gubernatora Hansa Franka. 26 lipca 1944 Akcja Wiśnicz oddział Armii Krajowej przeprowadził udany atak na więzienie, uwalniając grupę przetrzymywanych tam więźniów politycznych. Była to jedna z największych tego typu akcji polskiego podziemiaWojciech Königsberg: AK 75. Brawurowe akcje Armii Krajowej. Kraków: Znak, 2017. ISBN 978-83-240-4232-6Jerzy Śląski: Polska walcząca. Warszawa: Instytut Wydawniczy Pax, 1990, s. 446-448. ISBN 978-83-211-1428-6Józef Wieciech. Akcja na więzienie w Nowym Wiśniczu. „Niepodległość i Pamięć 2/3 (4)”, s. 197–202, 1995. Warszawa.